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Journal Article Epublish

PubMed: 40725249 DOI: 10.3390/ijms26147003

Identification of Molecular Subtypes of B-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia in Mexican Children by Whole-Transcriptome Analysis.

Int J Mol Sci 26(14)

Authors: Norberto Sánchez-Escobar, María de Los Ángeles Romero-Tlalolini, Haydeé Rosas-Vargas, Elva Jiménez-Hernández, Juan Carlos Núñez Enríquez, Angélica Rangel-López, José Manuel Sánchez López, Daniela Rojo-Serrato, América Mariana Jasso Mata, Efraín Abimael Márquez Aguilar, Janet Flores-Lujano, Juan Carlos Bravata-Alcántara, Jorge Alfonso Martín-Trejo, Silvia Jiménez-Morales, José Arellano-Galindo, Aurora Medina Sanson, Jose Gabriel Peñaloza Gonzalez, Juan Manuel Mejía-Aranguré, Minerva Mata-Rocha

Affiliations

  • SECIHTI-Facultad de Medicina y Cirugía-Universidad Autónoma "Benito Juárez" de Oaxaca, Mexico City 68020, Mexico. Unidad de Investigación Médica en Genética Humana, Hospital de Pediatría "Dr. Silvestre Frenk Freund", Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico.
  • SECIHTI-Facultad de Medicina y Cirugía-Universidad Autónoma "Benito Juárez" de Oaxaca, Mexico City 68020, Mexico.
  • Unidad de Investigación Médica en Genética Humana, Hospital de Pediatría "Dr. Silvestre Frenk Freund", Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico.
  • Servicio de Oncohematología Pediátrica, Hospital Pediátrico Moctezuma, Secretaría de Salud de la Ciudad de México, Mexico City 15530, Mexico.
  • División de Investigación en Salud, Hospital de Pediatría "Dr. Silvestre Frenk Freund", Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico.
  • Laboratorio de Virología Clínica y Experimental, Unidad de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Hospital Infantil de México Federico Gómez, Secretaría de Salud, Mexico City 06720, Mexico.
  • Institute of Pharmacology and Structural Biology, 31077 Toulouse, France.
  • Unidad de Investigación Médica en Genética Humana, Hospital de Pediatría "Dr. Silvestre Frenk Freund", Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico. Escuela Superior de Medicina, Instituto Politécnico Nacional, Mexico City 11340, Mexico.
  • Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, Hospital de Pediatría "Dr. Silvestre Frenk Freund", Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico.
  • Laboratorio de Genética y Diagnóstico Molecular, Hospital Juárez de México, Mexico City 07760, Mexico.
  • Servicio de Hematología, Hospital de Pediatría "Dr. Silvestre Frenk Freund", Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico.
  • Laboratorio de Innovación y Medicina de Precisión, Núcleo "A", Instituto Nacional de Medicina Genómica, Mexico City 14610, Mexico.
  • Departamento de Oncología, Hospital Infantil de México Federico Gómez, Secretaría de Salud, Mexico City 06720, Mexico.
  • Servicio de Onco-Pediatría, Hospital Juárez de México, Secretaría de Salud, Mexico City 07760, Mexico.
  • Laboratorio de Genómica Funcional del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Mexico City 14610, Mexico.
  • Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City 04360, Mexico.
  • SECIHTI-Unidad de Investigación Médica en Genética Humana, Hospital de Pediatría "Dr. Silvestre Frenk Freund", Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 03940, Mexico.

Abstract

B-lineage acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) is classified into more than 20 molecular subtypes, and next-generation sequencing has facilitated the identification of these with high sensitivity. Bulk RNA-seq analysis of bone marrow was realized to identify molecular subtypes in Mexican pediatric patients with B-ALL. High hyperdiploidy (27.3%) was the most frequent molecular subtype, followed by DUX4 (13.6%), TCF3::PBX1 (9.1%), ETV6::RUNX1 (9.1%), Ph-like (9.1%), ETV6::RUNX1-like (9.1%), PAX5alt (4.5%), Ph (4.5%), KMT2A (4.5%), and ZNF384 (4.5%), with one patient presenting both the PAX5alt and low hypodiploidy subtypes (4.5%). The genes TYK2, SEMA6A, FLT3, NRAS, SETD2, JAK2, NT5C2, RAG1, and SPATS2L harbor deleterious missense variants across different B-ALL molecular subtypes. The Ph-like subtype exhibited mutations in STAT2, ADGRF1, TCF3, BCR, JAK2, and NRAS with overexpression of the CRLF2 gene. The DUX4 subtype showed mutually exclusive missense variants in the PDGRFA gene. Here, we have demonstrated the importance of using RNA-seq to facilitate the differential diagnosis of B-ALL with successful detection of gene fusions and mutations. This will aid both patient risk stratification and precision medicine.

MeSH

Cells, Genes, Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma, Gene Expression Profiling, Transcriptome, Leukemia, Mutation, B-Lymphocytes, Child